Первый музей в Агдамском районе был создан в 1962 году.

На должность директора музея был назначен представитель районной интеллигенции Юсиф Ахмедов. Поскольку в первое время штатное расписание утверждено не было, сотрудники музея были приняты на работу как работники отдела культуры. В музее, состоящем из двух залов, были собраны около 500 экспонатов, относящихся к истории района.

После назначения на должность заведующего Отделом культуры Агдамского района Чимназ Алиевой организации и агитации музейного дела в районе было отведено широкое место.

Штатное расписание музея было утверждено в 1982 году. А в штате состояли директор, хранитель, заведующий фондом, научный работник и сторож. Здание музея пришло в негодное состояние, поэтому в 1983 году часть музея была переселена в «İmarət»(дворец), основная же часть — в одну из комнат центральной библиотеки на бывшем проспекте Ленина. Экспонаты демонстрировались в «İmarət».

Напомним, что до оккупации в фонде музея хранилось более 2500 экспонатов. В числе экспонируемых образцов преобладали медные предметы, горшки, тазы, казаны различных размеров.

В результате оккупации города Агдам армянскими вооруженными формированиями вывезти экспонаты из музея оказалось невозможным.

С 1995 года музей продолжает свою деятельность в здании Дома культуры села Гарадаглы Агдамского района. За счет вновь собранных, восстановленных исторических и материально-культурных образцов в настоящее время в музее выставлено до 2600 экспонатов.

Музеем в 1962-1986 годы руководил Юсиф Ахмедов, в 1986-1990 гг. – Сурхай Джафаров, в 1990-1991 гг. – Миргусейн Сеидов, в 1991-1995 гг. – Джамиля Гасымова, в 1995-2001 гг. – Мехман Мамедов, в 2009-2012 гг. – Алекбер Алиев.

С 2013 года продолжить эту миссию было возложено на Ульви Гадирова.