В феврале 1991 года, приказом министра культуры Азербайджанской Республики Полада Бюль-Бюль оглу в Шуше был создан Азербайджанский Государственный музей истории Карабаха.

На этапе подготовки был сформирован фонд музея примерно из 550 экспонатов, утверждено штатное расписание. Вначале под музей был отведен дом видного представителя интеллигенции своего времени Фирудин бека Кёчарли, который был родом из Шуши, позже музей временно функционировал в одном из зданий, включенных в Санаторно-курортное объединение.

С одной стороны, политическая ситуация, с другой, — армянская оккупация привели к прекращению деятельности музея. Первым директором Государственного музея истории Карабаха был Эмин Агаев.

В результате оккупации города Шуша вооруженными силами Армении около шестисот экспонатов музея были уничтожены или вывезены. В настоящее время армяне выставляют награбленные музейные экспонаты в ряде стран, представляя их мировой общественности как образцы армянской материальной культуры.