Дом-музей Узеира Гаджибекова в Шуше начал действовать в 1959 году при поддержке Национальной академии наук Азербайджана, Музея истории Азербайджана, Министерства культуры и Музыкального фонда. Музеем руководили Миркямал Агамиров, Гумру Гаджиева. С 1980 года и по сей день музей возглавляет Насиба Эйвазова. Музей как самостоятельная структура состоит из четырех комнат.

Отметим, что в 1960 году под редакторством М.Газыева был также издан буклет «Дом-музей Узеира Гаджибекова в Шуше». Буклет был напечатан на азербайджанском и русском языках.

В 1978 году Дом-музей Узеира Гаджибекова был отремонтирован, а во дворе дома вводится в эксплуатацию родниковый комплекс.

В штате музея до 1983 года состояли два, затем – шесть человек: директор, заведующий фондом, научный сотрудник, художник-реставратор, смотритель, сторож.

В первой комнате музея экспонировались ценные материалы, относящиеся к первым годам жизни Узеир-бека – экспонаты, касающиеся его студенческих лет, а также фотографии родственников и членов семьи, датированные до 1920 года. В экспозиции музея было выставлено множество предметов раннего творчества композитора — рукописи его первых произведений. Во второй, третьей и четвертой комнатах экспонировались предметы композитора, отражающие его бурную деятельность в советские годы. Во второй комнате также был поставлен монумент гениальному композитору. В тот период планировалось также благоустройство музея и его реконструкция. По плану музей должен был быть двухэтажным, и в проекте предусматривалось строительство кинотеатра. Кроме того, планировалось обогащение экспонатного фонда музея. Отметим, что хотя в Шуше есть дом гениального Узеир-бека, в нем оставалось немного его личных вещей. Переселившись в Баку, композитор перевез сюда большую часть своих вещей. Поэтому при создании в Шуше музея, часть имевшейся в Баку домашней утвари, которая относилась к периоду жизни в Шуше, была возвращена в Шушинский музей.

Напомним, что до оккупации в музее хранилось около 1700 экспонатов. В ходе оккупации силами самоотверженного руководства музея были убережены от армянской оккупации и привезены в настоящее время действующий в Баку Дом-музей всего лишь 136 личных вещей Узеир-бека. Около 1600 экспонатов были уничтожены и выведены из строя вооруженными силами Армении. Со времени оккупации армянами города Шуша музей продолжил свою деятельность в Бакинском доме-музее Узеира Гаджибекова.

В настоящее время директором музея является Насиба Эйвазова.