Paralelamente a la ocupación de los territorios azerbaiyanos, por parte de las fuerzas armadas y servicios especiales de Armenia fueron realizados docenas de atentados terroristas con respecto a objetivos civiles y medios de transporte civil como resultado de los cuales murieron más de 2000 personas.
Las organizaciones terroristas armenias, fundadas en el siglo XIX por la iniciativa de los miembros de la Triple ENTENTE para desestabilizar la complicada cuestión de minorías en el Imperio Otomano, y sus miembros hicieron todo lo posible para desminuir la cantidad de la población humana en estas regiones mediante terror, asesinatos y limpiezas étnicas. Las organizaciones terroristas como “ARMENAKAN” (fundada en 1885) “Dashnaktsutun” (fundada en 1890 en Tiflis, Georgia), “HNCHAK” (fundada en 1887 en Ginebra) “ASALA”- El Ejercito Secreto Armenio para Liberación de Armenia (fundada en 1975) y muchos grupos terroristas a lo largo de tiempo realizaron numerosas matanzas, atentados y diversiones dirigidas contra las personas que no estaban de acuerdo con ellos-ciudadanos de diferentes países cristianos y musulmanes.