ПАСЕ, опираясь на критерии, определенные в докладе группы независимых экспертов, приняла 24 января 2002 года Резолюцию 1272 под названием «О политических заключенных в Азербайджане». В резолюции был обсужден без каких-либо критериев или определений ряд персональных судебных дел лиц (Искендер Гамидов, Аликрам Гумбатов, Рагим Газиев и другие), включенных в список предполагаемых политических заключенных при принятии Азербайджана в члены Совета Европы. В резолюции не нашел отражения ни один критерий, связанный с понятием «политический заключенный». Несмотря на то, что доклад, подготовленный группой независимых экспертов, содержал в себе критерии для определения существования политических заключенных в Армении Азербайджане, принятая ПАСЕ Резолюция 1272 (2002) касалась лишь Азербайджана. По политическим заключенным в Армении ни ранее, ни потом никаких резолюций не принималось.
На сессии Ассамблеи в июне 2003 года выступил с докладом по вопросу о политических заключенных член Комиссии ПАСЕ по юридическим вопросам и правам человека, бельгийский депутат Джордж Клерфайт. В его докладе была продемонстрирована предвзятая позиция в отношении Азербайджана, заявлено о невыполнении обязательств, принятых нашей страной в связи с проблемой «политических заключенных» при приеме в члены Совета Европы, а также был представлен в качестве «политических заключенных» ряд лиц, осужденных за различные преступления.
Отмечу, что в связи с принятием Азербайджана в полноправные члены Совета Европы 16 января 2001 года был принят Акт об амнистии. Многие помнят, что в результате применения Акта об амнистии были освобождены из мест заключения около 2 300 лиц, сроки наказания 800 лиц были снижены наполовину, 4 400 лиц были освобождены от наказания, не связанного с лишением свободы, со стороны следственных органов и судов было прекращено уголовное преследование в отношении 1 300 лиц. Кроме того, Президент Азербайджана 17 июня 2003 года подписал Указ о помиловании. Этим указом были освобождены 106 осужденных, в числе которых было большинство тех лиц, которых правозащитные организации признавали «политическими заключенными». В целом были отпущены на свободу 527 из 716 осужденных, которых некоторые неправительственные организации считали «политзаключенными» после вступления Азербайджана в Совет Европы. Однако эти факты не были отражены в подготовленном докладе Клерфайта.
Азербайджанская делегация заявила о противоречивости включенного в повестку доклада по вопросу о «политзаключенных», и о том, что он имеет целью воздействие на предвыборную ситуацию. Большинство выступивших ходе обсуждений депутатов подчеркнуло, что доклад Клерфайта предвзятый и поверхностный, не соответствует критериям независимых экспертов, противоречит позиции группы экспертов. Наконец, сочтя противоречивым доклад по вопросу «политических заключенных» Азербайджане, ПАСЕ приняла решение вернуть его в Комиссию на доработку.
2004 году ПАСЕ приняла вторую резолюцию в связи с вопросом политических заключенных в Азербайджане. Список лиц, которые предположительно являются политическими заключенными, представленный некоторыми НПО в преддверии приема Азербайджана в полноправные члены СЕ, охватывал судебные дела до 1 января 2001 года. Европейская конвенция по правам человека вступила в силу в Азербайджане с 15 апреля 2002 года и с этого времени граждане страны получили право обращаться в Европейский суд по правам человека. НПО представили список, состоящий из некоторых осужденных, считавшихся с 1 января 2001 года по 15 апреля 2002 года предположительно политическими заключенными. Их имена не были включены в список, составленный накануне принятия Азербайджана в полноправные члены Совета Европы. Поэтому оставался открытым вопрос, связанный с тем на основании каких критериев определялось, являются они политическими заключенными или нет. Чтобы устранить этот пробел, было подтверждено, что критерии, подготовленные независимыми экспертами в Резолюции 1359 (2004) ПАСЕ, относятся также к лицам, осужденным в период с 1 января 2001 года до 15 апреля 2002 года. Отмечу, что в Резолюции 1359 (2004), как и в Резолюции 1272 (2002), никаких критериев представлено не было.
Очередное обсуждение в ПАСЕ вопроса политических заключенных в Азербайджане прошло в июне 2005 года. После обстоятельных обсуждений доклада, подготовленного докладчиком по вопросу политических заключенных в Азербайджане Малколмом Брюсом, ажиотаж в связи с этой темой несколько приутих. Малколм Брюс пришел к выводу об отсутствии в Азербайджане проблемы политических заключенных и подал в отставку с поста докладчика. Тем самым отпала необходимость в назначении нового докладчика по Азербайджану в связи с этой надуманной проблемой.
Правительство Азербайджана, несмотря на аннулирование поста докладчика по проблеме политических заключенных, приложила усилия по решению этого вопроса правовыми средствами и полного его закрытия, с целью чего выступила 11 июня 2005 года с инициативой создания Рабочей Группы. В Группе были представлены представители власти и правозащитники. Эта Рабочая Группа позднее продолжила свою деятельность как Рабочая Группа по правам человека.
В Азербайджане с конца 2003 года по февраль 2011 года были подписаны один акт амнистии и 16 указов о помиловании. Эти решения охватили около 10 тысяч осужденных. За этот период дела многих осужденных, предположительно считавшихся политическими заключенными, были пересмотрены в судах, и они были освобождены. В целом, с применением указанных правовых средств, многочисленные осужденные, предположительно считавшиеся политическими заключенными, были освобождены. Наряду с этим, для предотвращения нарушений закона при рассмотрении судьями тех или иных уголовных дел, в том числе предотвращения появления новых осужденных, которые могут быть расценены как «политические заключенные», в Судебно-правовом совете систематически проводились обсуждения в связи с деятельностью судей. На основе рекомендаций Совета до 2011 года в отношении более 100 судей были вынесены решения о различных наказаниях, были даны рекомендации о приостановлении деятельности более 30 судей, деятельность более 10 судей была приостановлена досрочно.
Кроме того, в Азербайджане с участием около 70 экспертов из 30 стран, а также из различных структур ПАСЕ, ПА ОБСЕ, Европейского парламента и ООН, были проведены международные конференции: в 2005 году – по проблеме «политических заключенных» и в 2008 году – на тему «Защита политических прав в Азербайджане – новые критерии». В резолюциях и заявлениях этих конференций подчеркивалось отсутствие, в том числе в международных документах, и в частности в общепризнанных официальных документах Совета Европы, определения международно-правовой природы понятия «политический заключенный», а также неприменение этого понятия в практике Европейского суда по правам человека. Несмотря на представление в ПАСЕ данных резолюций и заявлений, подготовленных с участием многочисленных экспертов, Совет Европы никак на эти документы не отреагировал.
Однако систематически, в преддверии президентских и парламентских выборов в стране, очередных сессий ПАСЕ надуманная проблема «политических заключенных» искусственно превращалась в предмет обсуждений, и использовалась некоторыми кругами как внутри страны, так и за ее пределами в качестве средства политического воздействия на Азербайджан в форме крупномасштабной и предвзятой кампании. Для предотвращения этих кампаний необъективного характера и донесения до общественности истинной сути проблемы многие из действующих в Азербайджане НПО, в том числе объединяющий в своих рядах более 70 НПО «Совет по проблемам политических заключенных», сформировали группу опытных экспертов. Группа экспертов изучила уголовные дела более 100 осужденных, признанных Советом Европы в качестве «политических заключенных», и пришла к однозначному выводу о том, что признание их «политическими заключенными» не имеет под собой никакой правовой основы, выявив среди них лиц, совершивших такие преступления, как похищение ребенка и терроризм, попытки государственного переворота и другие насильственные преступления. Главы этих НПО проинформировали в связи с выявленными фактами руководителей СЕ, а на двусторонних и многосторонних встречах с депутатами Совета Европы довели эти факты также до их внимания.
Наряду с этим, данные организации последовательно обращались с заявлениями к руководству и депутатам СЕ. В этих заявлениях подчеркивалось, что независимо от принадлежности к какой-либо политической партии или движению, или же нахождения на высоком государственном посту, каждый должен отвечать перед лицом закона за совершенные преступления, и придание этому вопросу политической окраски противоречит верховенству закона, который является главным принципом формирования демократического, правового государства и гражданского общества. Ошибки, допущенные следователями или судьями во время следствия или судебного процесса по нескольким преступлениям, не являются основанием для признания преступников «политическими заключенными». Эти вопросы должны быть решены не в политической, а правовой плоскости. Если кто-то недоволен решениями, принятыми в национальной судебно-правовой системе, то он может обратиться в Европейский суд по правам человека. Что еще подчеркивалось в этих заявлениях? То, что предъявление, при отсутствии какого-либо общепринятого правового критерия и международного правового документа, лишь к Азербайджану, среди 47 государств-членов, претензий, связанных с проблемой политического заключенного, и назначение по стране специального докладчика по данному вопросу идут вразрез с международными правовыми нормами, не соответствуют ни общеевропейским ценностям, ни принципам Совета Европы, а также являются большим ударом по авторитету этой международной структуры.
Азербайджан остался верен своим традициям в вопросе объективного и беспристрастного решения в рамках Совета Европы проблемы политических заключенных. За период членства в Совете Европы азербайджанская делегация и азербайджанское правительство последовательно заявляли об отсутствии правового документа, отражающего критерии понятия «политический заключенный». Азербайджанская сторона доводила до внимания СЕ, что пока нет правового документа и не определены критерии, прояснение, изучение этого вопроса невозможны. Совет Европы же всегда в этом вопросе демонстрировал в отношении Азербайджана двойные стандарты и занимал необъективную позицию, среди 47 государств-членов структуры назначал докладчика только по Азербайджану, обвинял страну в вышеуказанном вопросе и игнорировал ее требования.