Cənubi Qafqazın yenidən Rusiyanın nəzarəti altına qayıtması regionda siyasi vəziyyəti dəyişdirdi. Yeni şərait aldadıcı ad altında Rusiya imperiyasının bərpa olunması, müstəqillik atributlarının aradan qaldırılması ilə səciyyələnirdi.
Moskva rəhbərliyi Cənubi Qafqaz respublikalarını formal muxtariyyət hüququ ilə imperiyanın tərkibinə daxil edirdi. Bu şəraitdə “müttəfiq respublikalar” üçün daha çox ərazinin faktiki nəzarətdə saxlanılması mühüm əhəmiyyət kəsb edirdi. Rusiya Cənubi Qafqazda xristian Ermənistan və Gürcüstanın daha çox ərazilərə nəzarət etməsində, həmin ərazilərin erməniləşdirilməsi və gürcüləşdirilməsində maraqlı idi.
Ona görə də Rusiya regionda möhkəmləndikdən sonra Azərbaycan-Ermənistan və Azərbaycan-Gürcüstan arasındakı “mübahisəli ərazilər” deyilən məsələləri dərhal ikincilərin xeyrinə həll etdi. Beləki əhalisi yalnız Azərbaycan türklərindən ibarət olan Dərələyəz, Göyçə, Zəngibasar mahalları Ermənistana, Borçalı mahalı isə Gürcüstana verildi. Ermənistan bununla kifayətlənməyərək yaranmış vəziyyətdən, Rusiyanın uyğun mövqeyindən daha geniş şəkildə yararlanmağa çalışırdı. Ermənistan sovet rəhbərliyi tərəfindən Azərbaycanın Qarabağ, Naxçıvan, Zəngəzur bölgələrinə iddialar irəli sürüldü. Moskva dərhal bu iddiaları dəstəklədi və Azərbaycanın kommunist rəhbərlərinə təzyiqləri güclənirdi. Azərbaycan rəhbərliyi Moskvanın təzyiqləri qarşısında davam gətirməyərək 1920-ci il noyabrın 30-da və dekabrın 1-də Zəngəzurun Ermənistana verilməsi haqda bəyanatlarla çıxış etdi.
Moskva Azərbaycanı güzəştlərə məcbur etmək üçün “proletar beynəlmiləlçiliyi” deyilən gülünc təbliğat vasitələrindən istifadə edirdi. Azərbaycan rəhbərliyində Zəngəzurun Ermənistana verilməsinə qarşı çıxan xeyli qüvvə var idi. Bu məsələ bir neçə dəfə müxtəlif səviyələrdə müzakirə olundu. Lakin bu bölgəni xilas etmək mümkün olmadı. Zəngəzur mahalı iki hissəyə bölünərək, 4505 kv.km ərazisi Ermənistana verildi. Başdan-başa azərbaycanlıların yaşadığı Naxçıvanla Azərbaycanın digər ərazilərinin arasında yalnız azərbaycanlıların yaşadığı Zəngəzur Ermənistan ərazisi elan olundu. Bu, tarixdə görünməmiş absurd bir qərar idi. Digər tərəfdən isə, ermənilər Zəngəzurdan sonra Naxçıvanı da ələ keçirəcəklərinə ümid edirdilər.
Naxçıvanın da taleyi ciddi təhlükə qarşısında idi. Rusiya Naxçıvanın Ermənistana verilməsini təkidlə tələb edirdi. Azərbaycan Zəngəzuru güzəştə getdikdən sonra Naxçıvana erməni iddialarını qəti şəkildə rədd etdi. Ermənistan Zəngəzur məsələsi ətrafında hələ də mübahisələrin davam etdiyini nəzərə alaraq Naxçıvanla bağlı ilkin mərhələdə təkid etmədi və 1920-ci il dekabrın 28-də Naxçıvana heç bir iddiasının olmaması ilə əlaqədar rəsmi bəyanat verdi. Lakin ermənilər az sonra Naxçıvan məsələsini yenidən gündəmə gətirdilər. Yalnız işə Türkiyənin qarışması ilə məsələ ədalətli həllini tapdı. 1921-ci ildə Türkiyə, Rusiya, Azərbaycan və Ermənistan arasında imzalanmış dördtərəfli Moskva və Qars müqavilələri ilə Naxçıvan Azərbaycanın tərkibində saxlanıldı.