Ermənilərin öz müsəlman hökmdarlarına qarşı hərəkətləri 1796-cı ildə Şərqi Qafqaz xanlıqlarına olan rus basqınları dövründə başlandı. Bu xanlıqlar nominal olaraq İran tabeliyində olsalar da faktiki olaraq yerli hökmdarlar – xanlar tərəfindən idarə olunurdu. Onların əhalisi əsasən türklərdən, əhəmiyyətli dərəcədə digər müsəlman xalqlarından və ermənilərdən ibarət idi. Rus qoşunları basqın edərkən xanlıqların təbəələri olan ermənilər casus rolunu oynamağa başladılar. Məsələn, ermənilər Dərbəndin su təchizatı planını ruslara verməklə şəhərin süqutunu mümkün etdilər.
Müsəlman xanlıqlarının işğalı zamanı silahlı erməni dəstələri rusların tərəfində vuruşurdular. Erməni arxiyepiskopu Arqutinski-Dolqorukov XVIII əsrin 90-cı illərində öz moizələrində onun ən böyük istəyinin bütün işğal olunmuş ərazilərdə müsəlman hökmranlığına məhz Rusiyanın son qoymasından ibarət olduğunu bildirirdi. Arxiyepiskomun istəyi həyata keçdi. Gəncə xanlığının paytaxtı Gəncə şəhəri alınarkən ruslar və onların gürcü müttəfiqləri saysız-hesabsız müsəlman öldürərək əsl qırğın törətdilər, sonra isə xanlığı talan edərək viran qoydular. İşğaldan sonra məscidlərə məxsus bütün əmlak və pul vəsaiti ələ keçirildi. Müsəlman əhali təqiblərə məruz qoyuldu. Nəhayət, Gəncə müsəlmanlarının çoxu qaçmaqla canını qurtarmalı oldu, onların yerini isə etmənilər tutdu. Xanlıqların işğalından sonra çar məmurları erməniləri Rusiya imperiyasının yenicə ələ keçirdiyi ərazilərə köçməyə şirnikdirməyə və beləliklə də xristian əhalinin sayını artırmağa başladı. Ermənilərin köçürüldüyü vilayətlərdən biri də Qarabağ xanlığının ərazisi oldu (erməni-türk münasibətlərinə əngəl törədən bu problem bu gün də qalmaqdadır). Lakin 1820-ci ilədək ermənilərin köçüb gəlməsi kütləvi xarakter daşımırdı. Cənub-qərbi Qafqaz xanlıqları Çərkəzistan və Abxaziyadan əhalisinin daha kompakt yaşaması və nisbətən dinc olması ilə fərqlənirdi. Rusların məcburi köçürmə siyasəti İrəvan xanlığında daha təsirli olmuşdu.
Castin Makkarti, Karolin Makkarti “Türklər və ermənilər” (Bakı, “Səda”, 2010) kitabından